《超能干探》講述了兩位至交好友陳一賢（郭晉安飾）和方志強(qiáng)（劉錫明飾）的故事。他們一同考入警校并分配至同一單位。方志強(qiáng)善良正直，卻因不愿隨波逐流而遭同事排斥；陳一賢聰明機(jī)伶，心機(jī)深沉，為名利不擇手段，深受長(zhǎng)官器重。一次緝捕行動(dòng)中，方志強(qiáng)受傷后奇跡般獲得超能力，能“以眼代手”、“移形換影”，并在奇人沈節(jié)（谷峰飾）的指導(dǎo)下學(xué)會(huì)控制。而陳一賢因嫉妒方志強(qiáng)的升職和女友阮雯（林穎嫻飾）的離去，憤恨之下拜師邪道高人石龍（王龍威飾），學(xué)習(xí)邪惡超能力。此后，兩人在追查重大刑案時(shí)，石龍逼迫陳一賢殺人，使其深陷魔道。方志強(qiáng)在調(diào)查中逐漸揭開(kāi)真相，卻遭石龍攔截，幸得沈節(jié)相救，但馬鳳兒（彭家麗飾）為救方志強(qiáng)犧牲。陳一賢怕事跡敗露，不斷用超能力殺人并陷害方志強(qiáng)，方志強(qiáng)念及舊情一再忍讓。最終，陳一賢除掉石龍后更加猖狂，方志強(qiáng)在無(wú)后顧之憂后，與陳一賢展開(kāi)生死對(duì)決。劇情充滿超能力對(duì)決、兄弟反目與愛(ài)情糾葛，跌宕起伏。