《海峽往事》以1894年甲午戰(zhàn)爭(zhēng)后，日本強(qiáng)占臺(tái)灣實(shí)行殖民統(tǒng)治的歷史為宏大背景。1915年，泉州少林寺武僧陳宗漢赴臺(tái)組織起義失敗，在奪回被日警局長(zhǎng)山田搶走的關(guān)渡宮媽祖金身后，將金身與幼子托付給臺(tái)灣同春堂老板林文軒后犧牲。為保護(hù)媽祖金身，林文軒忍痛將親生兒子林正青冒充陳宗漢之子交給山田，由此埋下家庭誤解與時(shí)代悲劇的種子。山田將真正的陳宗漢之子收養(yǎng)為日本人雄一，并矢志奪回媽祖金身以雪前恥。時(shí)光流轉(zhuǎn)至1937年，日本全面侵華，成年后的雄一以警察身份回到臺(tái)灣推行“皇民化”，卻因接觸林文軒而對(duì)中華文化產(chǎn)生認(rèn)同，并逐漸探尋自己的身世之謎。與此同時(shí)，陳宗漢之女海韻回臺(tái)尋仇抗日，林文軒之子林正青則深陷日軍生化實(shí)驗(yàn)的陰謀。劇中人物命運(yùn)交織，林文軒堅(jiān)守民族氣節(jié)，組織抵制運(yùn)動(dòng)；雄一在血緣與養(yǎng)育之恩間痛苦掙扎；海韻、正青等青年一代投身救亡。最終，歷經(jīng)重重險(xiǎn)阻與犧牲，媽祖金身得以回歸泉州，而林文軒為保護(hù)國(guó)寶與山田同歸于盡。該劇通過(guò)一尊媽祖金身的守護(hù)與回歸，串聯(lián)起兩岸同胞跨越五十年的血淚抗?fàn)幨罚桧灹藶槊褡褰夥鸥冻鼍薮鬆奚南攘遥懹浟伺_(tái)灣同胞不朽的愛(ài)國(guó)功勛。